故事发生在苏美冷战时期，本游戏分为“贞洁行动（Virtuous Mission）”与“食蛇者行动（Operation: Snake Eater）”两个部分。前者即为游戏的序幕部分，是让玩家熟悉本作操作与环境的部分。

贞洁行动

1964年8月24日，正式组成的特种部队“FOX”（Force Operation X）首次被赋予的实战任务，援救苏联的武器开发者索科洛夫，协助他脱逃苏联前往美国。索科洛夫开发的新型核武器兵器正在演习中的间隙，“FOX”的特工Naked Snake（意为“裸蛇”，因为Snake没带任何真正的武器）以历史上首次的HALO式跳伞（High Altitude Low Open，即“高跳低开跳伞”）降落被空投在了索科洛夫的研究所附近。“贞洁行动”就这样的情况下开始了。

食蛇者行动

“贞洁行动”失败的一周后。在美国总统约翰逊与苏联部长会议主席赫鲁晓夫的协商下而产生的任务，为了救出被敌人掳走的索科洛夫，然后破坏他所开发的新型核武兵器“Shagohod”（本作的BOSS之一，《MGS》历代都会挑战的大型兵器类BOSS)，并且抹杀逃亡到苏联的“The Boss”。Snake再次潜入敌人的阵营。以消灭“The Boss”及其麾下的眼镜蛇特种部队（Cobras）为由命名，“食蛇者行动”开始了。

主要角色

内克德·斯内克

本作品的主角。是The Boss最后的弟子，他从The Boss那里学到了所有的战斗技术，不但敬重The Boss，也深深的爱着她。利奇德?斯内克真名叫杰克（JACK），“裸蛇”是其在虚拟实战代号“食蛇者行动”中使用的代号。

汤姆少校

Snake的顶头上司，FOX Unit的负责人，对于007电影有莫名的执著。真实的名字是大卫·奥，在狐狸部队，他已认识总指挥-零。他曾在虚拟实战任务中提到过诸如总指挥汤姆（Major Tom）的相关事情，但是他的代号，是在此次事件中才开始使用的。

帕拉·梅迪奇

在“贞洁行动”与“食蛇者行动”中，担任Snake的医疗与野地求生顾问的护校新毕业生。在她的20年的生涯中曾离过婚。 她是FOX成员，有着如同母亲一样慈爱的面容。

情报先生

他将会是一个史密斯式的角色，21世纪年轻的非洲裔美国的男性（时间悖论）。 他是计算机狂人。食蛇者行动中任FOX成员，当Sigint经由无线电传输保存在Snake身上的定位系统中。

夏娃

夏娃是一名间谍，也是Snake的支援力量。1960年与亚当（ADAM）一起逃亡到苏联。她渗透进克格勃（KGB、苏维埃国家安全局），取名正是苏库洛夫喜爱的名字泰亚娜。

眼镜蛇部队

头领

代号The Boss。她服务于执行虚拟实战任务的FOX部队，她通过无线电传输在虚拟实战任务中给与SNAKE帮助。没有人知道她的真实身份，她是一位完美的战士，年近40依旧单身。

悲哀

代号The Sorrow。眼镜蛇部队前役成员，已阵亡。他是THE BOSS的丈夫、山猫（Ocelot）的父亲。在战争中他牺牲自己的生命挽救THE BOSS于危难。

痛苦

代号The Pain。眼镜蛇部队现役成员。 他有操纵大量马蜂的能力。他将女王蜂养殖在背包内，使用她的蜂音引导其他工蜂。他的身体也布满了马蜂。

恐惧

代号The Fear。眼镜蛇部队现役成员，手和腿比一个正常人长，而且他攀登树有很多如同蜘蛛行动的相同方式。他能从关节取出四肢而且向后弯曲它们。

死亡

代号The End。TEH END是一个暗示“死亡”的密码名称，也就是这位近百岁的眼镜蛇部队成员。他是眼镜蛇部队里资格最老的成员，THE BOSS的狙击技术就是原自他的教导，这位在19世纪60年代出生的传奇性狙击手，很快就会迎来他100岁的生日。

愤怒

代号The Fury。眼镜蛇部队现役成员。愤怒穿着一套黑色的苏联制作的宇航员制服，将防火器具作为替换。 他对于火焰喷射器的使用造作非常熟练。